Με αφορμή την ανέγερση του Νέου Μουσείου Ακρόπολης, διενεργήθηκε εκτεταμένη ανασκαφική έρευνα στη θέση που θα υψωνόταν το Μουσείο, στο λεγόμενο οικόπεδο Μακρυγιάννη, η οποία έφερε στο φως μια αρχαία γειτονιά με συνεχή διάρκεια κατοίκησης από τους προϊστορικούς έως τους βυζαντινούς χρόνους. Η σπουδαία αυτή οικιστική περιοχή βρίσκεται στη σκιά της Ακρόπολης, στις νότιες υπώρειες του βράχου, με την αμφιθεατρική της χωροθέτηση να βλέπει στο κατάφυτο παριλίσσιο τοπίο. Στο ίδιο οικιστικό σύνολο ανήκουν και οι αρχαιότητες που αποκαλύφθηκαν κατά τη διάρκεια της κατασκευής του σταθμού Ακρόπολη του Μετρό.

Κατά την Ύστερη νεολιθική περίοδο (3500-3100 π.Χ.), εγκαταστάθηκαν στην περιοχή οι πρώτες ομάδες ανθρώπων, δημιουργώντας τους πρώτους οικιστικούς πυρήνες. Στην ανασκαφή του οικοπέδου Μακρυγιάννη αποκαλύφθηκαν κατάλοιπα της αδιάλειπτης χρήσης του χώρου και κατά τους επόμενους αιώνες, είτε οικιστικά, είτε εργαστηριακά, είτε ταφικά. Φτάνοντας στην κλασική εποχή, στα χρόνια του Πελοποννησιακού Πολέμου ξεκινά η πολεοδομική συγκρότηση της περιοχής. Στην ανασκαφή εντοπίστηκαν σπίτια αυτής της περιόδου, όπως η επονομαζόμενη Οικία Θ από την οποία διατηρείται σήμερα ο ανδρώνας, η αίθουσα δηλαδή των συμποσίων, με το ψηφιδωτό της δάπεδο. Η οικοδομική δραστηριότητα συνεχίζεται αδιαλείπτως στα χρόνια που έπονται: τα σπίτια επισκευάζονται, τροποποιούνται, αναπτύσσεται πυκνό οδικό δίκτυο και δημιουργούνται βιοτεχνικές ζώνες ανάλογα με τις κοινωνικές, τις πολιτικές και οικονομικές συνθήκες.

Οι αλλεπάλληλες οικοδομικές φάσεις στην περιοχή του οικοπέδου Μακρυγιάννη διαταράχθηκαν κυρίως από την κατοίκηση κατά την ύστερη αρχαιότητα, τα κατάλοιπα της οποίας είναι σήμερα ορατά στη βάση του Μουσείου Ακρόπολης. Καθώς το πλέγμα των αρχιτεκτονικών λειψάνων κατοικιών, δρόμων, εργαστηρίων (αγγειοπλαστικής, κοροπλαστικής, γλυπτικής, μαρμαροτεχνίας, μεταλλουργίας), λουτρών και αποχωρητηρίων αυτής της σημαντικής γειτονιάς της αρχαίας Αθήνας είναι πολύπλοκο, παρακάτω παρουσιάζεται ένα από τα σημαντικότερα κτιριακά συγκροτήματα το οποίο είναι σήμερα επισκέψιμο και ενταγμένο στην αρχιτεκτονική του Μουσείου.

Ένα από τα πιο εντυπωσιακά και πολυτελή κτήρια, τα κατάλοιπα του οποίου μπορεί κανείς να δει σήμερα κάτω από το γυάλινο δάπεδο του προαύλιου του Μουσείου, είναι το Κτήριο Ζ. Πρόκειται για μια έπαυλη που ιδρύθηκε περίπου στα μέσα του 5ου αι. μ.Χ., με πολλά δωμάτια που αναπτύσσονται σε επίπεδα γύρω από μια περίστυλη αυλή. Σύμφωνα με την αποκατάστασή του, θα καταλάμβανε έκταση 3700 τ.μ. Αναγνωρίστηκαν 2 τρικλίνια (αίθουσες υποδοχής και εστίασης), νυμφαίο (μαρμάρινη κρηναία κατασκευή), αποθηκευτικοί χώροι, μαγειρείο, λουτρά και συνολικά τρεις αυλές. Οι χώροι χαρακτηρίζονται από πολυτέλεια καθώς διαθέτουν ψηφιδωτά δάπεδα, τοίχους επενδεδυμένους με μαρμάρινες πλάκες και διακοσμούνται με μαρμάρινα γλυπτά αρχαιότερων εποχών. Έχει υποστηριχθεί από τους μελετητές ότι αυτό το εντυπωσιακό κτηριακό συγκρότημα θα στέγαζε και λειτουργίες δημόσιου χαρακτήρα και ιδιοκτήτης του θα ήταν κάποιος πλούσιος και διακεκριμένος πολίτης. Η σχέση του ιδιοκτήτη με την κεντρική διοίκηση υποδηλώνεται πιθανόν από δυο πορτραίτα γυναικών της αυτοκρατορικής αυλής που εντοπίστηκαν κοντά στην κεντρική είσοδο του συγκροτήματος, το ένα εν των οποίων θεωρείται ότι απεικονίζει τη σύζυγο του αυτοκράτορα Θεοδοσίου Β΄, Ευδοκία.

Σε αυτό το κυρίαρχο στην ανασκαφή κτηριακό συγκρότημα προστέθηκε κατά τον 6ο αι. μ.Χ. μια νέα πτέρυγα στα ανατολικά, που ονομάστηκε συμβατικά κτήριο Ε και περιλαμβάνει πλήθος δωματίων. Η νέα πτέρυγα είχε δύο ορόφους, και στο κέντρο του ισογείου της δεσπόζει μια μεγάλη αψιδωτή αίθουσα για την υποδοχή κόσμου που επικοινωνεί με έναν τρίκογχο χώρο, ο οποίος θα λειτουργούσε είτε ως τρικλίνιο είτε ως χώρος άσκησης ιδιωτικής λατρείας για λίγους, τους στενούς συνεργάτες ή φίλους του οικοδεσπότη. Δυτικά της αψιδωτής αίθουσας ανοίγεται ένας μεγάλος κυκλικός χώρος που έχει αναγνωριστεί ως πύργος. Οι ιδιαίτερα παχείς τοίχοι του υποδεικνύουν ότι ο πύργος θα ήταν ψηλός, ενώ η κυκλική κατασκευή στο εσωτερικό του είναι μεταγενέστερη προσθήκη. Καθώς τα εντυπωσιακά κυκλοτερή κατάλοιπα είναι ορατά από ψηλά, από τον προαύλιο χώρο του Μουσείου, πολλοί επισκέπτες σήμερα ρίχνουν νομίσματα, μιμούμενοι την παράδοση ρίψης κερμάτων στη Φοντάνα Ντι Τρέβι της Ρώμης. Με την προσθήκη της νέας πτέρυγας στο κτήριο Ζ, το συνολικό του εμβαδόν του συγκροτήματος αυξήθηκε στα 5000 τ.μ.. Είναι προφανές ότι ο ιδιοκτήτης του θα ήταν κάποιος ιδιαίτερα πλούσιος και επιφανής πολίτης με υψηλό αξίωμα, ενδεχομένως κάποιος πάτρωνας.

Στα τέλη του 6ου αι., τμήμα του κτηρίου καταστρέφεται από πυρκαγιά και εγκαταλείπεται, όπως και άλλα γειτονικά κτήρια. Στη θέση τους εγκαθίστανται εργαστήρια που λειτουργούν τουλάχιστον έως τον 8ο αι., αλλάζοντας τον χαρακτήρα της περιοχής σε βιοτεχνικό. Τον 11ο αι., με τη δημογραφική ανάπτυξη της Αθήνας, η περιοχή καταλαμβάνεται από απλά σπίτια και εργαστήρια κεραμικής, τα οποία θεμελιώνονται σε αρχαιότερους τοίχους και για την κατασκευή τους χρησιμοποιείται οικοδομικό υλικό προϋπάρχοντων κτηρίων. Τον 13 αι., η περιοχή παρακμάζει καθώς βρίσκεται εκτός του Ριζόκαστρου, της οχύρωσης της πόλης, και χρησιμοποιείται για καλλιέργειες. Μετά την ίδρυση του νέου Ελληνικού κράτους, ο στρατηγός Ιωάννης Μακρυγιάννης αγόρασε κτήματα σε αυτή την περιοχή, η οποία πήρε το όνομα του.